Cin Bebek 3, bir cin kabilesinden kurtulmak için mücadele veren bir kadının hikayesini konu ediyor. Doğa, bir Cin'den hamile kalarak bebeğini doğurmak zorunda kalmıştır. Cin Bebek'ten ve bebeği isteyen cin aşiretinden kurtulmak isteyen Doğa, bu amaçla Dinler Tarihi Uzmanı olan bir profesörle iş birliği yapar. Ancak işler onun düşündüğü gibi ilerlemez. Bebeğin annesini bırakmaya niyeti yoktur.